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C형 간염 바이러스 유전형 분석을 위한 진단용 DNA Array의 개발

Title
C형 간염 바이러스 유전형 분석을 위한 진단용 DNA Array의 개발
Author
박재찬
Advisor(s)
채영규
Issue Date
2010-02
Publisher
한양대학교
Degree
Doctor
Abstract
C형 간염 바이러스(Hepatitis C virus; HCV)는 1989년 Choo 등에 의해 침팬지의 혈장에서 얻은 non-A, non-B (NANB)형 간염 바이러스로부터 밝혀진 50 nm 정도 크기로 약 9,400개의 염기와 3,011개의 아미노산으로 이루어진 positive-single strand linear RNA 바이러스이다. C형 간염 바이러스 유전자는 3개의 구조단백질인 C, E1, E2 와 4개의 비구조단백질인 NS2, NS3, NS4, NS5를 생성하는 하나의 open reading frame (ORF)으로 이루어져 있으며, ORF 말단에는 5'-untranslated region (5'UTR)과 3-'untranslated region (3'UTR)이 존재하고 있다. C형 간염 바이러스 유전형 분석에는 5'UTR, Core, NS5B region등이 이용되고 있으며, 이중 NS5B region의 염기서열 분석법이 표준방법으로 여겨지고 있으나, 낮은 민감도와 분석절차상의 어려움으로 인하여 사용되고 있지 않다. NS5B region 분석결과와 높은 상관관계를 가지며 민감도가 높은 5'UTR이 C형 간염 바이러스 유전형 분석에 주로 사용되고 있다. C형 간염 바이러스는 매우 높은 유전자 다형성을 나타내고 있는데 현재까지 크게 6개의 형으로 분류를 하고 그 속에 속하는 아형도 수종에서 수십 종까지 보고되어 있다. 유전형에 따라 약물에 대한 치료 기간과 용량이 달라지며, 치료에 대한 반응도 달라지는 것으로 알려져 2002년 NIH Consensus Conference에서는 C형 간염환자의 치료 시 반드시 유전형을 검사하도록 권장하고 있다. 본 연구는 C형 간염 바이러스 유전형을 간단하고 정확하게 분석하기 위하여 DNA chip 방법을 개발하였다. C형 간염 바이러스 5'UTR에서 15개의 C형 간염 바이러스 유전형특이 프로브를 고안하여 유전형 분석에 이용하였으며, 대량검사가 이루어지고 있는 병원에서 사용이 용이하도록 증폭된 PCR 산물을 변성화 과정 없이 교잡반응 할 수 있도록 비대칭 PCR (asymmetric PCR) 적용하였다. 또한 교잡반응 시 형광물질을 동시에 반응하는 co-hybridization 방법을 사용하여 기존방법에 비하여 실험소요시간 및 실험단계를 단축하였다. C형 간염 바이러스 유전형의 지역적 다른 분포의 특성을 고려하여 한국(n=15)과 프랑스(n=97)에서 수거한 112명의 양성샘플을 대상으로 sequencing 결과와 개발된 DNA chip 결과를 비교 시 유전형 수준에서 100% 일치되는 결과를 얻었다. Asymmetric PCR과 co-hybridization 방법을 DNA chip에 적용함으로써 좀 더 빠르고, 용이하게 대량으로 진단 할 수 있는 새로운 진단법을 제시하였다고 판단된다.
URI
https://repository.hanyang.ac.kr/handle/20.500.11754/142591http://hanyang.dcollection.net/common/orgView/200000413086
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GRADUATE SCHOOL[S](대학원) > BIONANOTECHNOLOGY(바이오나노학과) > Theses (Ph.D.)
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