Comparative Study of DNA extraction method in Meiofauna. The Korean Journal of Environmental Biology
- Title
- Comparative Study of DNA extraction method in Meiofauna. The Korean Journal of Environmental Biology
- Other Titles
- 중형저서동물에서 효율적인 DNA 추출 방법 비교 연구
- Author
- 이원철
- Keywords
- meiofauna; DNA extraction; mtCOI; Ludox; Rose Bengal
- Issue Date
- 2011-08
- Publisher
- 한국환경생물학회
- Citation
- 환경생물, 2011 29(3), P.138-143
- Abstract
- 이번 연구에서는 중형저서동물의 생태학적 연구에 사용하는 Ludox와 Rose Bengal을 처리하였을 때, 고정액의 종류에 따른 DNA (mtCOI)의 추출 효율을 비교하고자 하였다. 실험을 위해 저서성 요각류 Tigriopus japonicus s.l.를 실험동물로 사용하였으며, 99% 에탄올과 4%포르말린의 두 종류의 고정액을 사용한 뒤 이들을 각각 대조구로 삼았다. 그리고 (1) Ludox HS40, (2) Rose Bengal, (3) Ludox HS40+Rose Bengal을 각각 시료와 반응시킨뒤, mtCOI 유전자를 추출하였다. 이후 PCR을 진행하고 산물을 전기영동하여 유전자의 증폭여부를 확인하였다. 또한 모든 실험은 30회 반복하여 실험간의 결과를 비교 하였다. 그 결과, 에탄올의 경우에는 대조구를 포함한 (1), (2), (3)의 실험 모두에서 96% 이상의 효율을 보였지만, 포르말린의 경우에는 대조구에서 27% 증폭되었으며, (1)과 (3)에서 약 3%, (2)에서 약 7%만 증폭되어 두고 정액에 따른 차이가 뚜렷하게 나타났다. 결과적으로 현재의 연구를 통해서 99% 에탄올이 중형저서동물에서 DNA를 추출하는 데 적합한 고정액임을 확인하였다.The efficiency of mtCOI amplication after DNA extraction of benthic harpacticoid Tigriopus japonicus s.l. was tested under different conditions depending on fixative (99% Ethanol, or 4% Formalin) and additional chemicals (Ludox or Rose Bengal). Each experimental group by the fixative was subdivided into four groups, respectively: 1) Control (fixative only), 2) processed with Ludox HS40, 3) processed with Rose Bengal, and 4) processed with both Ludox HS40 and Rose Bengal. For the 99% ethanol-fixed sample, overall success rate of amplification by PCR was 96% or above, while for the 4% formalin-fixed one, success rate was much lower than those of ethanol-fixed: 1) Control: 27%, 2) Ludox HS40: 3%, 3) Rose Bengal: 7%, and 4) Ludox HS40 and Rose Bengal: 3%. As a result present study verify that 99% ethanol is a proper fixative for DNA extraction in meiofauna organisms.
- URI
- https://www.kci.go.kr/kciportal/ci/sereArticleSearch/ciSereArtiView.kci?sereArticleSearchBean.artiId=ART001586158
- ISSN
- 1226-9999
- Appears in Collections:
- COLLEGE OF NATURAL SCIENCES[S](자연과학대학) > LIFE SCIENCE(생명과학과) > Articles
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