핵자기공명법을 이용한 IgM 항원 Apo B-100 유래 펩티드(E)의 구조연구

Abstract

LDL 수용체에 결합하는 Apo B-100 단백질은 4536개의 아미노산으로 구성되어 있으며, 20개의 아미노산으로 나눌 때, P1-P302의 펩티드 그룹으로 분류된다. MDA 처리된 펩티드 그룹은 면역글로불린의 항원으로 작용하며 면역글로불린 M 항체반응의 수치가 높게 나타나는 E 그룹의 펩티드인 P31, P33, P34를 선정하여 구조연구를 진행하였다. Circular Dichroism spectrum은 190-260nm 의 파장 범위에서 측정되었고, CD spectrum data를 통해, P31와 P34의 경우 부분적으로 Helix 구조를, P33은 전체적으로 helix 구조를 가지는 것으로 나타났다. 펩티드 P31, P33, P34에 대해 동핵관련 2D-NMR (COSY, TOCSY, NOESY 기법) 실험을 진행하여 NMR 신호지정 및 구조를 결정하였다. COSY, TOCSY 실험에서 얻어진 Chemical Shift 정보를 토대로 NOE 스펙트럼에서 얻어진 1H-1H 핵간 거리 정보를 이용하여, Distance geometry (DG)와 Molecular dynamic(MD)을 수행하였고 구조를 결정하였다. 얻어진 구조로부터 2D NOE를 역계산하고 실제 스펙트럼과 비교하여 결정된 구조를 최종 선정하 였다. 3차원 구조가 결정된 펩티드들의 구조를 중첩시켰을 때 RMSD 값은 P31의 경우 0.09Å2, P33은 0.20Å2 그리고 P34는 0.13Å2의 값을 나타내었다. 결정된 펩티드의 구조는 CD 분석을 통해 얻어진 2차 구조 결과와 일치하였고, 특히 P31와 P34의 경우 helix를 이루고 있는 것을 확인할 수 있었다.