전장유전체연관분석을 이용한 한국인 특이적인 위암 연관 유전자 탐색

Abstract

위암은 전 세계적으로 가장 흔한 암 중 하나이며 가장 잘 알려진 위암 연관 유전자는 CDH1 이다. 위암 사망률은 동아시아에서 가장 높고 한국에서 네 번째로 높다고 알려져 있다. 한국에서는 여러 기관에서 한국인 암 환자를 대상으로 암과 연관된 유전변이를 찾는 연구가 진행되고 있다. 그러나 한국인 위암 환자 특이적 유전변이에 대한 정보는 제한적이다. 본 연구에서는 위암의 발병 요인 중 하나인 유전적 요인에 초점을 두어 한국인 위암 환자의 변이(variant) 중 위암 연관 후보 병인성 변이(candidate pathogenic variant)를 탐색하는데 중점을 두었다. 추가적으로 정상인 대비 한국인 위암 환자에게서 더 높은 빈도로 나타나는 변이 발굴 및 한국인 위암 환자의 후보 유전자(candidate gene)로 구성된 생물학적 경로(pathway)를 탐색하였다. 후보 병인성 변이 탐색을 위해 정상 한국인 62명과 18명의 한국인 위암 환자(미만형 위암 14명, 장형 위암 4명)의 혈액 샘플(peripheral blood sample)에서 얻은 전장유전체서열 데이터(whole genome sequencing data)를 이용하였다. 후보 유전자(candidate gene) 분석 결과, HSD17B4(rs25640), CYP2D6(rs1065852), CD36(rs75326924)은 한국인 위암 환자의 후보 병인성 유전자(candidate pathogenic gene)이었다. 정상 한국인과 한국인 위암 환자 간의 유전변이 연관성 분석 결과 염색체(chromosome) 15번에 위치한 CSK(rs149657503, rs1801014), LMAN1L(rs139935799, rs62621375, rs147808783), CYP1A1(rs147808783)은 한국인 장형(intestinal subtype) 위암 환자에게서 정상 한국인 대비 더 높은 빈도로 유전변이가 나타난 유전자였다. 이 중 CYP1A1은 장형 위암 환자에게서 가장 높은 네트워크 점수를 갖는 연관 네트워크를 구성하는 유전자인 것으로 나타났다. 따라서 HSD17B4, CYP2D6, CD36, CYP1A1은 한국인 위암 환자의 위암 연관 유전자인 것으로 판단하였다.